本中心組織架構說明如下：
本中心置主任、秘書、社會工作督導、高級社會工作師、組長、社會工作師、組員、助理員、書記。
主任：承臺南市政府社會局（以下簡稱本局）局長之命，綜理本中心業務，並指揮監督所屬員工。
秘書：襄理本中心業務。
人事管理員：依法辦理人事管理事項。
會計員：依法辦理歲計、會計及統計事項
中心單位分別有成人保護組、兒少保護組、性侵害保護組、綜合規劃組、暴力防治組(派兼)、醫療服務組(派兼)、教育輔導組(派兼)、人事管理員、會計員。
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