本中心組織架構說明如下：
本中心置主任、主任秘書、組長、社會工作督導、高級社會工作師、 社會工作師、組員、助理員、書記。
主任：承臺南市政府社會局（以下簡稱本局）局長之命，綜理本中心業務，並指揮監督所屬員工。
主任秘書：襄理本中心業務。
人事室：置主任，依法辦理人事管理事項。
會計室：置主任，依法辦理歲計、會計及統計事項。
中心單位分別有成人保護組、兒少保護組、性侵害保護組、綜合規劃組、暴力防治組(派兼)、醫療服務組(派兼)、教育輔導組(派兼)、人事室、會計室。
